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核酸抽提与纯化是分子生物学试验的基础，核酸纯化方法是影响提取核酸质量高低的最重要因素，也是下游分子生物学试验成败的关键。
核酸纯化的方法及原理如下：
一、PC抽提法
PC 抽提是去除蛋白质有效的手段，但超过了该饱和度，裂解体系中的蛋白质不会被一次去除，必须靠多次抽提，方可彻底去除。且每次抽提都会损失部分核酸。另外， 体系太粘稠的坏处是，蛋白质难以彻底去除，以及基因组 DNA 会断裂得更厉害，所以要注意裂解液与样品的比例。PC 抽提的另外一个用途是，利用酸性酚可以部分去除 DNA 的特点，在 RNA 抽提时获得 DNA 残留极少的 RNA。不过有一点要提醒的是，某些植物样品，在去除某些杂质之前，是不能使用 PC 抽提的，否则核酸必定降解。PC抽提最大的优势是成本低廉，对实验条件要求较低，对于经费紧张的实验室较为实用。
二、高盐沉淀法
高盐沉淀蛋白质/醇沉淀方法，同样也是一个非常不错的方法。与 PC 抽提方法相比，除了纯度的稳定性可能要低一点外，该方法几乎克服了 PC 抽提的所有缺点。更快、更轻松的去除蛋白质所可以用于大规模抽提，但其不足之处是纯度 (蛋白质残留) 不够稳定，蛋白质的沉淀效率在4℃会更好一些。
三、离心柱法
离心柱纯化法，是目前试剂盒提取广泛应用的方法。其最大特点是受人为操作因素影响小， 纯度的稳定性很高 (虽然纯度不一定比PC 纯化方法更高)。加入的液体通过离心后会进入另外一个离心管中，与含有核酸的柱子完全是分开的，所以洗涤更彻底。其致命弱点是样品过量，提取效率较低，且 需要反复离心，操作复杂，成本也较高。
四、生物磁珠法
生物磁珠法是将纯化介质包被在纳米级生物磁珠表面，通过介质对核酸的吸附，在外加磁场下使核酸附着于磁珠定向移动，从而达到固液分离纯化的作用。与其他几种方法相比，生物磁珠法具有很多无法比拟的优势，如：
①提取灵敏度高（微量材料即可提取）
②纯化纯度高（完全与蛋白盐等杂质分离）
③提取产量高（每mg磁珠能吸附500ug DNA）