天津生物芯片-国内首批第三代Pacbio测序平台

  天津生物芯片于近期引进国内首批PacBio RS II测序仪系统 （第三代测序仪），利用Pacbio RS II 平台我公司已经为众多客户提供了快速、优质、低成本的全基因组测序服务。

   PacBio RS测序仪系统是太平洋生物技术公司（Pacific Biosciences）基于单分子实时（SMRT）测序技术的第三代测序平台，可以在一天内完成从样品制备到测序和读取序列的全过程。天津生物芯片利用PacBio RS测序仪系统全面解决了二代测序几大困扰：海量数据拼接难，变异检测假阳性高，稀有突变被淹没，高GC含量区域无法跨越，高度片段无法准确测定等，得到高质量，完整的数据信息，为合作伙伴提供优质的基因组组装，目标区域测序，碱基修饰检测等技术服务。

PacBio RS II 测序系统优势
   采用PacBio RS 平台，进行单分子实时测序（single molecule, real-time SMRT）主要技术优势有：

1读长较长  ：最长读长可达20kb，平均读长约为4-5kb；
      
2，测序速度快，通量高：每个测序Run运行时间仅需1天，每个Run有8个Cell，每个SMRT Cell产出约200 Mb有效数据量；

3，无GC偏好：测序数据覆盖均一，测序结果无明显GC偏移；

4，单分子测序：文库构建过程中没有PCR扩增，可检测到罕见突变；

5，实时测序测序：过程中可直接获得碱基修饰信息

PacBio RS II 测序系统服务领域
1， 动植物复杂基因组测序
(1)杂合基因组：杂合基因组主要指杂合率高于0.5%的二倍体基因组，如大部分水产类和昆虫等；
(2)高重复基因组：主要指重复序列比例高于50%的二倍体基因组，大部分林木；
(3)超大基因组：基因组大小大于3G，甚至是10G以上的物种，如两栖类，部分林木；
(4)多倍体基因组：如四倍体、六倍体植物等。

2， 真菌基因组完成图
(1) 适用于所有真菌菌株；
(2) 尤其适合超高GC/超低GC真菌;
(3) 其它用传统方法测序比较困难真菌；
(4) 真菌基因组草图或精细图补洞。
3， 细菌基因组完成图
(1) 普通细菌快速完成图构建；
(2) 尤其适合超高GC/超低GC细菌;
(3) 其它用传统方法测序比较困难细菌菌株
通过采用第三代测序技术，直接进行细菌基因组的完成图绘制。

4， BAC克隆完成图
通过PacBio RS平台进行单分子实时测序，可以快速得到超长读长。再加大测序深度，PacBio序列可以产生非常均一覆盖度，在大部分目标区域内，可以接近100%的覆盖度。

5， 从头组装（DE Novo Assembly）
PacBio RS平台是目前唯一能完成完整基因组组装，结构测定和基因分型的微生物测序平台。该平台可以用PacBio数据独立完成微生物基因组的完整拼接，也可以将PacBio长读长数据和二代测序短读长数据进行混合拼接完成基因组。

 6，甲基化检定

    SMRT技术采用的是对DNA聚合酶的工作状态进行实时监测的方法。DNA聚合酶催化荧光标记的核苷酸掺入到互补的核酸链中。核苷酸的掺入被检测成荧光脉冲，依据其颜色鉴定出核苷酸。当聚合酶切断连接在核苷酸末端的荧光基团时，脉冲终止。荧光脉冲的到达时间和持续时间产生了关于聚合酶动力学的信息，从而允许直接检测DNA模板链中的修饰核苷酸，包括N6-甲基腺嘌呤、5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。